Darüber hinaus weist der ZKA darauf hin, dass der Freistellungsauftrag ab dem Jahr 2010 auch Bedeutung für die Verrechnung von Verlusten hat. Verluste aus Kapitalvermögen eines Ehegatten konnten früher nur vom Finanzamt im Rahmen der Einkommensteuerveranlagung mit Einkünften aus Kapitalvermögen des anderen Ehegatten verrechnet werden. Ab dem Kalenderjahr 2010 führt ein gemeinsamer Freistellungsauftrag der Ehegatten dazu, dass nicht das Finanzamt, sondern stattdessen das Kreditinstitut am Ende des Jahres nicht ausgeglichene Verluste des einen Ehegatten mit Erträgen des anderen Ehegatten oder mit gemeinschaftlich erzielten Erträgen verrechnet und die hierauf abgeführte Kapitalertragsteuer wieder erstattet. Seit dem Jahr 2010 können Ehegatten daher erstmals wählen, ob sie einen gemeinsamen Freistellungsauftrag bis zur Höhe des gemeinsamen Sparer-Pauschbetrages von 1.602 Euro (mit der Folge der ehegattenübergreifenden Verlustverrechnung) oder Einzel-Freistellungsaufträge jeweils bis zu 801 Euro (mit der Folge, dass keine ehegattenübergreifende Verlustverrechnung vorgenommen wird) erteilen möchten. Einzel-Freistellungsaufträge gelten allerdings nicht für Gemeinschaftskonten und -depots.

Einzelaufträge kommen insbesondere in Betracht, wenn Ehegatten getrennt veranlagt werden oder sich noch offenhalten möchten, ob ggf. im Rahmen der Veranlagung eine ehegattenübergreifende Verlustverrechnung erfolgen soll oder nicht. Da ein bestehender Freistellungsauftrag nach amtlicher Vorgabe nur zum Kalenderjahresende widerrufen werden darf, kann ein für das Jahr 2011 geplanter Wechsel vom gemeinsamen Freistellungsauftrag zu Einzel-Freistellungsaufträgen grundsätzlich nur noch bis zum 31. Dezember 2010 vorgenommen werden. Außerdem ist generell bis zum 15. Dezember zu entscheiden, ob ein auf Bankebene nach Verrechnung noch verbleibender Verlust des Jahres 2010 vom Kreditinstitut vorgetragen oder zur Vorlage beim Finanzamt bescheinigt werden soll. Banken und Sparkassen empfehlen daher den Anlegern, bei Bedarf bald den Kundenberater anzusprechen.